1581 wurde das Denkmal für Rudolf von Ponickau in der Kirche aufgestellt.
Am 31. Dezember 1716 ist die Naunhofer Kirche abgebrannt und hat dabei alle hölzernen Ausstattungsgegenstände sowie das Gewölbe des Kirchenschiffes eingebüßt.
Bis 1719 konnte das Kirchendach wiederaufgebaut werden.
1724 erfolgte die Einrichtung des Kirchenraumes im barocken Stil durch den Einbau der Emporen und die Fertigstellung des Kanzelaltars; die malerische Gestaltung jener Zeit wird seit 1995 restauriert.
1733 hat man das Denkmal für Pfarrer Johann Georg Schöne in der Kirche aufgestellt.
Um 1810 entstand ein sehenswerter hölzerner Taufstein, der 1996 restauriert worden ist.
1882 erbaute die Firma Ladegast (Weißenfels) die heutige Orgel.
Bereits 1950 wurde diese mit grundlegender Dispositionsveränderung nach barockem Klangbild durch die Firma Jehmlich (Dresden) wieder umgebaut.
In den Jahren 1896 bis 1901 wurden die Bleiglasfenster im Altarraum geschaffen und eingebaut, die 1994 restauriert worden sind.
1995 erhielt die Kirche einen neuen Fußboden aus Postaer Sandstein.
1996 wurde das Kircheninnere entsprechend barockem Stil von 1724 ausgemalt.